Kongens flugt endte i Odense, hvor han den 10. juli 1086 blev dræbt i Skt. Albani kirke sammen med sin bror Benedict og 17 hirdmænd.
Et par år senere blev Knud ophøjet til helgen, og skete allerede i år 1100 hvor Knuds bror Erik fik pavens godkendelse af dette.
Knud den Hellige blev tilsyneladende aldrig en populær helgen i den brede befolkning, men han havde stor betydning for kongeslægten, der med ham havde fået et guddommeligt skær kastet over sig. Desuden kunne hans helgenværdighed bruges som argument for at gå videre ad de veje, som Knud havde forsøgt sig med i sin regeringsvirksomhed. Begge dele fremgår bl.a. af den helgenbiografi om Knud, som den engelskfødte munk Ælnoth forfattede i 1120'erne.
Dele af Knud den Helliges helgenskrin og skelet kan sammen med hans bror Benedicts endnu den dag i dag beses i Skt. Knuds kirke i Odense.